Kenshin Himura es un experto espadachín quien en un momento de su pasado puso su habilidad al servicio de los Ishin Shishi(Patriotas de la Restauración) como hitokiri (asesino). Durante esta época recibió el nombre de Hitokiri Battōsai (Battōsai el Asesino) y fue el asesino más famoso y temido de estos tiempos. Terminados los enfrentamientos, decide pasar al anonimato y desde entonces se convierte en un vagabundo que recorre el país ayudando a la gente como una forma de resarcirse por todas las vidas que tomó. Porta con él una sakabatō, katana donde el filo y el lado rombo están invertidos y le permite utilizar su estilo de kenjutsu, el Hiten Mitsurugi Ryū, sin riesgo de que el mismo sea mortal.
La historia comienza en el año 11 de la Era Meiji, diez años después de finalizar el Bakumatsu y con él, la Era Tokugawa; al llegar Kenshin a Tokio, conoce a Kaoru Kamiya, una adolescente de 17 años que es huérfana de ambos padres. La joven trabaja como instructora suplente de un dojo de Kendo donde se practica el estilo Kamiya Kashin Ryū heredado de su padre. Luego de que Kenshin la salvara de un grupo de ladrones empeñados en quedarse con su propiedad, quienes en realidad eran unos antiguos alumnos del dojo los cuales para mancillar la reputación del mismo y quienes a modo de venganza por haber sido expulsados por el padre de la joven, usaban el nombre de Battōsai para cometer múltiples homicidios en la ciudad. Kaoru le invita a quedarse a vivir con ella hasta que decida volver a vagabundear, restándole importancia al pasado del joven lo cual lo deja muy sorprendido. Con el tiempo se les uniránYahiko Myōjin, un niño huérfano que era obligado a robar en las calles por un grupo de yakuza y es salvado por Kenshin y puesto a entrenar con Kaoru; Sanosuke Sagara, un luchador a sueldo que odia profundamente a los Ishin Shishi; y Megumi Takani una doctora involucrada involuntariamente en el oscuro mundo del tráfico de drogas que busca a su familia perdida de Aizu.
Los problemas surgirán cuando distintos enemigos relacionados con el oscuro pasado de Kenshin hagan aparición. A muchos de ellos los moverán intereses superficiales, otros en cambio serán antiguos enemigos de Kenshin que buscarán venganza.
En uno de esos momentos, aparece en la historia Hajime Saito, el antiguo capitán del grupo 3 de los Shinsengumi contra el cual Kenshin luchó en el Bakumatsu quien ha regresado haciéndose pasar por el oficial de la policía japonesa, Goro Fujita. En un momento dado, ambos samuráis luchan y es entonces cuando se descubre la razón de la reaparición de Saito en la vida de Kenshin: un antiguo Hitokiri el cual reemplazó a Kenshin en los asesinatos a políticos en secreto después de que éste se retiró y cuyo nombre es Makoto Shishio, prepara un golpe de estado para hacerse con el control del país a modo de vengarse del gobierno Meiji después de que estos lo traicionaran quemándolo vivo porque su existencia era demasiado peligrosa para el gobierno debido a la gravedad de los magnicidios que cometió y por temor a que los sacara a la luz ya que con esto el gobierno caería. El ministro del interior del país, Toshimichi Okubo le pide a ambos guerreros que eliminen a Shishio debido a su peligrosidad ya que ha establecido su cuartel general en la ciudad de Kioto. Aunque Saito acepta la misión, Kenshin en un inicio se niega a aceptar la petición del gobierno. No obstante, Okubo es asesinado por uno de los hombres de Shishio, lo cual hace que Himura acepte los hechos y vuelva a vagabundear una vez más rumbo a Kioto para salvar a su país de las manos del revolucionario y su organización, con el pesar de Kaoru quien lamenta que Kenshin tenga que volver a vagar de nuevo, sin embargo gracias a Yahiko y a Megumi, Kaoru se decide a seguir a Kenshin a tan peligroso viaje mientras que Sanosuke igualmente hacía lo propio.
En su viaje a Kioto, conoce a una joven Kunoichi de nombre Misao Makimachi la cual guarda una relación muy profunda con losOniwabanshū: una organización de espías ninja al servicio del Bakufu a quienes Kenshin confrontó en el pasado. Kenshin sin querer revela el que se cruzó con su líder, Aoshi Shinomori pero no le cuenta a Misao que él y Aoshi se enfrentaron ni lo que pasó con los otros Oniwabanshū que estaban con él, los cuales murieron. Por supuesto, Misao que estaba más que decidida a reencontrarse con Aoshi y los otros ninjas, decide acompañar a Himura en su viaje.