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Kenshin Himura (緋村 剣心 Himura Kenshin): es el personaje principal de la obra. Conocido como el legendario asesino "Hitokiri Battōsai" (人斬り抜刀斎), trabajó como hitokiri para los Ishin Shishi durante la Restauración Meiji. Al terminar esta, jura no volver a matar y deambula por Japón protegiendo a los débiles. Utiliza el estilo de kenjutsu Hiten Mitsurugi Ryu y empuña una sakabatou(espada de filo invertido) para no matar. En el comienzo de la historia ayuda a Kaoru a defenderse de un asesino que utiliza su nombre de Battousai y difama el dojo de Kaoru. Es entonces que le confiesa su pasado de asesino, pero Kaoru le resta importancia y lo invita a quedarse con ella. Su personalidad es tranquila, amable y humilde al extremo; aunque cambia completamente por una fría, violenta y despiadada cuando se enfada y se transforma nuevamente en Battousai. Físicamente es pequeño y delgado, con el pelo rojo y largo, atado en una coleta y con una cicatriz en forma de cruz en su mejilla izquierda. Al inicio de la historia tiene 28 años de edad.
Kaoru Kamiya (神谷 薫 Kamiya Kaoru): es una joven huérfana, quien aprendió de su padre el estilo Kamiya Kashin Ryu y heredó del mismo su dojo de kendo. Al comienzo de la historia, su dojo está en franca decadencia por culpa de un asesino que anda suelto y dice ser practicante de su dojo y se autoproclama "Battousai". Kenshin le revela su identidad de antiguo asesino y ella le permite vivir en su hogar, afirmando que no le importa su pasado. Tiene una personalidad muy fuerte, acorde a las exigencias de una mujer joven que debe valerse por sí misma. Es muy hábil en el kendo. Físicamente se la presenta como muy hermosa. Al inicio de la historia tiene 17 años.
Sanosuke), conocido también como Zanza): es contratado para enfrentarse a Kenshin siendo un luchador callejero, especializado en una enorme espada llamada Zanbatō. Kenshin logra derrotarlo, quiebra su espada, y ambos se convierten en grandes amigos. Durante la pelea, se revela que Sanosuke era de origen humilde y que perteneció al Sekihoutai, un ejército de campesinos liderado por Souzo Sagara, que apoyaron a los Ishin Shishi y fueron traicionados por éstos; y su líder decapitado. Sanosuke toma su apellido del nombre de Sagara, y se dedica a la lucha desde entonces. Posee un carácter muy fuerte, es agresivo y malhumorado. Es alto y tiene el cuerpo de un luchador. Al inicio de la historia tiene 19 años.
Yahiko Myōjin (明神 弥彦 Myōjin Yahiko): vagaba por Tokio siendo un delincuente menor; engañado por la yakuza local le hacen creer que debía dinero de las medicinas de su fallecida madre obligándolo a robar para conseguir ese dinero. A pesar de que al principio mostraba hostilidad frente a la ayuda de Kenshin y Kaoru gracias a ellos, se percata del engaño y decide irse con ellos para entrenar en escuela Kamiya-Kashin y llegan a ser grandes amigos e integrante del dojo. Es un joven muy orgulloso y con muchos deseos de ser más fuerte. Al comenzar la historia tiene 10 años.